일본뇌염은 적절한 치료제가 없어 백신 접종이나 모기에 물리지 않는 것이 최선이다.

모기에 물리는 것을 피하기 위해서는 모기가 왕성하게 활동하는 새벽과 해가 진 무렵에는 야외 활동을 자제하는 것이 좋다. 모기의 활동이 활발한 4월부터 10월까지는 야외 활동을 할 때는 피부노출을 최소화하기 위해 긴바지, 긴소매의 옷을 입고, 품이 넓고 밝은 색의 옷을 입는 것이 좋다. 모기를 유인할 수 있는 진한 항수나 화장품의 사용을 자제하고, 가정 내 방충망이나 모기장에 구멍난 곳이 없는지 미리 점검해야 한다.

일본뇌염 예방접종은 연중 어느 때나 가능하지만, 백신은 주로 봄에 생산하고 초여름이 지나면 백신이 모자라는 경우가 있으므로, 사람들이 많이 접종하는 4~6월 사이에 하는 것이 좋다.

일본뇌염 예방접종 대상인 생후 12개월에서 만 12세 아동은 예방접종을 해야 한다. 생후 6~12개월까지는 모체로부터 받은 면역이 있지만, 그 이후로는 면역성이 감소되기 때문에 생후 12~24개월 사이에는 예방접종을 시작해야 한다.

일본뇌염 백신은 사백신과 생백신 두 가지가 있으며, 이 중 하나를 선택해서 접종하면 된다. 사백신은 총 5회 접종해야 하는데, 생후 12개월~24개월에는 1~2주일 간격으로 2회 접종하고, 2차 접종 12개월 후에 3차 접종을 하여 기초접종을 완료해야 한다. 이후 만 6세와 만 12세에 각각 1회씩 추가 접종하면 된다. 생백신은 총 2회 접종하면 되는데, 생후 12~35개월 사이에 2차 접종을 완료하면 된다.

이외에도 40대 이상의 성인, 해외여행 계획자, 등산이나 야외활동이 많은 사람 중 일본뇌염에 대한 면역이 없다면 예방접종을 받는 것이 좋다