메디톡스 관련 중소벤처기업부의 행정조사와 관련 대웅제약은 "양사가 수년에 걸쳐 팽팽하게 소송을 진행하고 있고, 이미 수사기관을 비롯한 사법기관들이 광범위한 수사와 조사를 진행하고 있다"고 지적하고 "균주 채취 장소 및 관리상태 확인, 분리 동정에 관련된 장소 및 설비 확인, 개발 과정에서의 모든 문서 확인, 업무 관련자 면담, 각종 소송에서의 생성 자료 공개 및 제출, 조사실, 연구소 내부 시스템에 접근 가능 컴퓨터 요청 등 수사에 버금가는 최소 5일 이상의 현장조사를 하는 것은 부당하다는 판단 아 중소벤처기업부의 행정조사를 거부했다"고 밝혔다.
대웅제약은 입장문을 통해 "‘중소기업기술 침해행위 및 시행권고 공표 운영규정’ 제29조 제1항에 따르면 조사 당사자간의 소송 제기 등으로 원활한 조사가 어렵다고 인정되는 경우 등의 사유가 발생하여 조사가 지속되기 곤란한 경우에는 그 사유가 해소될 때까지 조사를 중지한다고 규정하고 있다"며 거부 배경을 설명했다.
그러면서 대웅제약은 "현재 메디톡스는 대웅을 상대로 한국에서 민사소송과 형사 고소를 하여 진행 중이고 미국에서는 세차례의 소송을 제기하여 두차례는 종료되었고 현재 ITC 소송을 진행 중"인 점을 상기시키며 "대웅제약은 관련 조사와 소송 과정에서 이미 염기서열 분석을 포함한 모든 자료를 제출하였으며, 이에 대한 결과들이 얼마지나지 않아 나올 예정이므로 불필요한 오해가 없도록 행정조사를 중단해 달라"고 요청했다.
대웅제약은 "메디톡스는 처음 소송을 시작할 당시 시가총액이 대웅제약의 2배에 육박하는 4조가 넘는 거대기업이었다"며 "2019년 11월에도 거의 2조원에 육박하는 규모로 코스닥 시가총액 10위권에 순위를 올렸고 2019년 3월 중소기업벤처부에 기술침해 행정조사를 요청한 직후 메디톡스는 5월 분기보고서 공시를 통해 ‘중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법’ 제 2조 제1호에 따라 중견기업이라고 곧바로 명시했다"는 점들 들어 메디톡스가 중소기업이아니라고 주장했다.
이어 " 메디톡스는 막대한 비용을 들여 소송을 하고 있으면서도 실제 소송비용조차 없어 피해를 입고 있는 중소기업을 위해 일해야 할 중소벤처기업부의 업무를 방해하고 있다"는 것이다.