대한의사협회는 '건강보험공단의 부정수급 방지대책은 국민건강보험법에 규정되지 않은 명백한 불법 행위이며 인권 침해 행위'라고 규정하고 즉각 철회를 요구했다.

의협은 '대한민국 의료기관은 국민건강보험법상 모든 환자를 그 신분, 자격, 유무 등에 관계없이 모두 사회보험인 건강보험을 적용하여야 하며, 이는 공급자들의 반대의견에도 불구하고 응급 상황이나 경제적 여건과 관계없이 모든 국민이 의료서비스를 받기 위함이라는 대승적 목적을 위해 합의된 사항'이라고 지적하고 '그럼에도, 극소수의 부정수급자를 잡기 위한다는 미명하에 전국민을 잠재적 범죄자로 취급하여 모든 환자에게 수진자 조회를 하라는 것은 준정부기관이 국민의 인권을 침해하는 일'이라고 주장했다.

의협은 또 건강보험공단의 본연의 업무인 자격관리업무를 위해 그동안 의료기관은 1년에 몇번씩 다운되는 건보공단의 서버를 이용하여 행정인력과 시간적 손해를 감수하면서 건보자격 확인에 적극 협조해 왔으나,이런 노력에도 불구하고 극소수의 부정수급자를 잡기 위해 의료기관에게 엄청난 행정력 소모와 환자-의사간의 신뢰관계를 깨는 정책은 그동안 적극협조해 온 의료기관에 대한 배반 행위라며 맹비난했다.

의협은 "이번 정책은 공단이 대통령의 비정상의 정상화 대책으로 제안한 정책이라 들었다."고 밝히고 "이는 건강보험공단의 역할을 고스란히 의료기관에게 전가하며 자신들의 임무를 저버리는 행태이며 만일 부정수급 방지대책을 강행하려면 건강보험공단의 가장 첫번째 임무인 자격관리를 저버리는 것으로서 건강보험공단의 인력을 대폭 구조조정 해야 한다"고 목소리를 높였다.

의협은 이밖에 "가입자의 도덕적 해이를 부추기는 건강보험공단은 보험자로서의 자격이 없다. 2013년 말 기준 6회 이상 보험료 체납으로 인한 급여제한자는 163만5천명이나 된다. 건강보험공단의 대책에는 "고액체납자 등 1,800명 이내 대상자"로 한정하고 있어, 총 급여제한자의 0.11%에 대해서만 보험진료를 하지 말라고 했다"며 "보험료를 고액 체납했던 저액 체납했던 체납자인 건 동일함에도 불구하고, 소위 보험자라는 공단이 "고액을 체납하면 보험혜택을 받지 못하고, 저액을 체납하면 보험혜택을 받을 수 있다"는 것"은어불성설이라고 비난했다.