대한병원협회(회장 김윤수)는 부가가치세법 시행령 제42조 및 동법 시행규칙 제32조 및 동법 기본통칙 12-35-4에 근거하여 모든 임상시험에 대해 현행과 같이 부가가치세를 면제해 줄 것을 국세청과 기획재정부 등 관계요로에 건의했다.

또한 최근 국세청이 3개 학교법인에서 수행한 임상시험 용역에 추징한 부가가치세를 철회할 것을 건의했다.

건의서에 따르면 임상시험을 하는 기관들은 학술연구용역과 기술개발을 면세대상으로 규정한 부가가치세법 시행령 제42조 및 동법 시행규칙 제32조에 근거하여 부가가치세를 신고하지 않았다.

세법령의 해석기준을 제시하여 세무공무원의 재량권을 규제하고 사업자와의 불필요한 마찰요인을 없애기 위해 마련된 ‘부가가치세법 기본통칙 12-35-4’에 신제품을 개발하거나 제품의 성능이나 질·용도 등을 개선시키는 연구용역은 면세 대상에 해당된다고 규정한 것을 근거로 부가세 면세 대상으로 인식해왔다. 다만 시판 후 임상시험 용역, 즉 4상 임상시험(PMS)에 대해서 일부 과세신고를 하고 세금을 납부해 왔을 뿐이다.

그러나 최근 국세청이 ‘13년 하반기 일부 병원에 대한 세무조사 시 면세 대상인 줄 알았던 임상시험 연구비용에 부가세를 추징, 병원계에 비상이 걸렸다. 한림대와 을지대, 가톨릭대 3개 학교법인을 대상으로 5년치(2008년~2012년)인 약 130억원의 부가세 추징에 나선 것이다. 이에 대해 병협은 금번 세무조사에 대해 문제점을 지적하고 시정을 요청했다.

건의서에 따르면 그동안 국내·외 임상시험 용역 계약에 있어 거래당사자(위탁 및 수탁)들은 면세적용으로 부가가치세를 제외하여 체결하였으나, 국세청이 과세 추징함으로써 해당 수탁기관은 부가가치세를 대납하고 위탁기관으로부터 받아야 하는 실정이다. 그러나 이미 계약이 종료된 위탁기관으로부터 부가가치세액을 받는다는 것은 사실상 어려우며 이에 따라 분쟁 발생이 우려된다고 밝혔다. 더구나 시험건수의 약 50%가 다국가간 계약인만큼 국가간 분쟁의 소지가 있으며 이는 국가 신뢰도에도 악영향을 미칠 수 있다는 것이다.

현재 우리나라의 임상시험 실시 기관이 164개로 건수는 2004년 136건에서 2012년 670건으로 매년 증가추세다. 임상시험 국가순위는 2012년 10위이며, 전 세계 도시별 순위는 서울이 1위를 차지한다.

<우리나라 임상시험 건수>

또한 전 세계적으로 신약개발에 R&D비용은 2011년 약 150조원에 이르며, 2018년 약 167조원에 이를 것으로 예상하고 있어 신선장동력으로 떠오르고 있다. 이러한 이유로 그 동안 미국, 독일, 프랑스 등 주로 선진국에서 실시하던 임상시험 분야가 1990년대에는 아르헨티나, 브라질, 태국이 2000년 후반에 들어서는 중국, 인도 등 많은 국가가 참여하고 있다. 우리나라의 경우 2000년 본격적인 임상시험을 시작하여 10여년 만에 아시아 1위, 전세계 10위권의 임상시험 선진국으로 발돋움 했다. 우리나라가 짧은 시간에 임상시험의 선진국 반열에 오를 수 있었던 것은 높은 의료수준, 정부의 과감하고 꾸준한 지원과 다른 국가에 비해 저렴한 연구비에 기인한 것이라고 밝혔다.

따라서 병협은 앞으로 임상시험 용역에 부가가치세를 부과한다면 우리나라의 임상시험에 대한 가격 경쟁력이 떨어지게 될 것이 우려된다며 임상시험에 대한 부가가치세 대상 논의는 신중해야 한다고 강조했다.

더욱이 현 정부의 의료산업화를 위해 불필요한 규제는 개선한다는 정책과 배치되는 조치임에 따라 금번 세무조치는 반드시 시정되어야 함을 재차 강조했다.