이대목동병원 신생아 사망 사건 관련하여 의료진 구속 영장 발부에 대해  대한의사협회를 비롯 한국여의사회에 이어 전국 의과대학 교수협의회가 "향후 의료에 미칠 영향을 심각하게 고민하고 있다"며  반발의 수위를 높이고 있다.

교수협의회는 "이번 사망 사건은 대한민국의 어려운 의료 환경 속에서 묵묵히 진료를 해오던 의료진이면, 누구나 겪을 수 있는 구조적인 문제라"고 지적하고  "단지 몇 명의 의사 처벌로 여론을 얼버무리려 한다면 이는 대한민국에서 어렵고 위험한 의료행위를 더욱 기피하게 만드는 역효과만 야기할 것"이라는  성명을 냈다.

성명은 "정부는 그 동안 적정한 의료전달체계를 마련하지 않아 대학병원으로의 환자 집중현상을 야기하였고, 공공의료조차 대부분의 민간의료기관에 의존하면서도 불합리한 의료수가를 유지하기 위해 상급종합병원 의료기관 평가 등을 통하여 줄세우기를 하였다. 정부는 이러한 제도를 지렛대로 민간 대형병원의 생존을 겨우겨우 보전해주면서 의료를 통제하고 책임을 회피하였다."고 밝히고  " 이러한 무책임에 바탕을 둔 대한민국 보험제도의 태생적 모순이 이번 신생아 참사를 야기한 공범이다. 또한 신생아중환자실에 대한 의료 인력 부족을 지속적으로 호소하였지만, 돈벌이에 급급한 나머지 적절한 조치를 취하지 않고 환자를 치료하도록 강제한 병원장과 재단 이사장은 형사 처벌 대상이다. 재발 방지를 위한 해결책을 모색하고 제시하는 것이 국가와 병원의 의무인데 근본적인 문제 인식과 사태 방지에 대한 해결책을 찾으려는 노력도 없이 단지 개별 의료진의 탓으로 때우려는 의료진 구속 수사는 법리에 맞지 않는 여론만을 의식한 판단이다."고 주장했다.

그러면서 "의료진의 구속 수사를 철회하고 감염관리 체계의 근원적 문제 해결과 재발 방지를 위하여 보건복지부 및 범의료계 차원에서 해결책을 모색할 것"을  촉구했다.