첫째, 그동안 자격시험 업무는 대한의학회에서 실무를 담당하고 대한의사협회가 총괄적으로 관리감독을 해왔었다. 특히 의협은 전문의 자격시험의 질을 향상시키고 시험에 대한 관리감독의 역할을 보강하고 강화하기 위해 어려운 여건에서도 꾸준히 노력해왔음에도 불구하고 이번에 대한의학회로의 업무를 전격적으로 이관시키는 것은 오히려 관리감독 시스템을 해체하는 결과만을 초래할 것이다.

둘째, 업무이관으로 인한 실질적인 효과를 기대할 수 없고, 논리적 모순에 빠지게 된다.
현재 전문의자격시험의 핵심 조직인 고시위원회와 고시실행위원회 구성을 보면, 고시위원회 위원장은 의협 산하 대한의학회 회장이 맡도록 하고 있고, 부위원장은 의협 학술담당 부회장, 고시실행위원회 위원장은 고시위원회 부위원장, 고시실행위원회 부위원장은 의협 학술이사와 의학회 고시이사가 맡고 있다. 이처럼 전문의 자격시험의 실질적 조직이 이미 의학회를 중심으로 구성되어 있기 때문에, 향후 위탁기관을 대한의학회로 이관한다 할지라도 위탁기관명만 변경될 뿐 전문의자격시험 운영 조직 및 방식은 현행과 결코 달라질 수 없어 위탁기관이 이관되는 의미가 없다.

그리고 정부가 2011년도 전문의자격시험 문제 유출 사건을 거론하며 일종의 징벌적 의미에서 위탁기관을 변경하는 것으로 파악되는데, 앞서 설명했듯 의학회가 중심이 된 고시위원회와 고시실행위원회에서 전문의자격시험과 관련된 모든 결정과 실행을 했기 때문에 결과적으로는 문제가 된 기관을 다시 위탁기관으로 지정하는 모순에 빠진 형국이 아닐 수 없다.

셋째, 현재 대한치과의사협회, 대한한의사협회 등 유관단체의 전문의시험의 경우 치협과 한의협이 실시하도록 명시되어 있는 상황에서 의과의 경우만 이를 의학회에 이관하는 것은 타 유관단체와의 형평성에 있어서 문제가 된다. 아울러 11만 의사의 대표단체인 의협의 위상을 격하시키고, 의협과 의학회간의  갈등을 조장하려는 정부의 불순한 의도로 밖에 볼 수 없다.

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