‘처방전 2매 발행을 원칙으로 하되, 환자가 2매 발행을 요청하는데도 불구하고 처방전을 추가 발행하지 않을 경우에 한해서 행정처분을 내리기로 한 보건의료직능발전위원회 권고사항’과 관련 대한의사협회는 " 1+1의 형태로서 애초의 처방전 2매 발행 의무화 계획으로부터는 한 발 물러선 것이나, 의약분업을 시행하는 국가 중 처방전 발행매수를 강제하는 나라는 없으며 약국의 대체조제와 약국의 허위청구가 만연한 상황에서 처방전의 발행매수를 강제화할 것이 아니라 약국에서의 조제내역서 발행이 의무화되어야 한다는 협회 의견이 여전히 반영되지 않았다"는 공식 입장을 발표했다. 

대한의사협회에서는 외국의 처방전 발행매수와 관련된 자료조사를 통해 처방전 발행매수를 강제하는 국가는 없다는 내용을 보건의료직능발전위원회에 제출했다고 거듭 확인했다. (다만 프랑스의 경우에는 의료기관이 건강보험공단에 직접 요양급여비용을 청구하는 우리나라와 달리 환자가 진료 후에 직접 의료비와 의약품 비용을 청구해야 하기 때문에 처방전을 2매를 발행하고 있음)

그 동안 대한의사협회에서는 의약분업을 시행하고 있는 대부분의 선진국에서는 처방전 1매 발행을 원칙으로 하고 있고, 국민 건강과 진정한 환자의 알권리 증진과 불법대체조제 여부 확인, 처방에 대한 추적관리 등을 위해서는 약사들의 조제내역서 발급이 필요하다는 점을 누누이 강조해 왔다고 밝혔다.

약국에 공급된 약과 약국에서 건강보험공단에 청구한 요양급여비용이 불일치한 약국이 전체 80%에 육박하고 있다는 것은 약국에서 의사의 처방대로 조제하지 않고 다른 약으로 바꾸어 조제하는 임의대체조제와 불법대체조제가 난무하고 있는 상황을 반증하는 현실로서 환자의 진정한 알권리는 어떤 약을 처방받았느냐가 아니라 어떤 약을 복용했느냐에 대한 기록이라고 할 수 있는데, 이번 보건의료직능발전위원회 권고사항에 조제내역서 발급 의무화가 포함되지 않아 국민 건강과 환자의 진정한 알권리를 충족시킬 수 없다는 것이다.

대한의사협회 송형곤 대변인은  보건의료직능발전위원회 권고사항에 대해 “보건의료직능발전위가 보건의료분야 직역간의 갈등을 조정하고 발전방안을 논의한다는 취지로 발족되었으나 갈등 조정의역할보다 조제내역서 발급 의무화를 통해 진정한 환자의 알권리를 충족시키는 것이 더욱 중요하다”는 입장을 밝혔다.