㈜신테카바이오(대표 정종선, 226330)가 자사의 합성신약 후보물질 발굴 AI 플랫폼 ‘딥매처(DeepMatcher®)’ 고도화 완료에 따른 자체 성능 검증 결과를 15일 공개했다.
신테카바이오는 ‘10억 개 화합물 및 6백여 개의 표적 모델로 구성된 딥매처 플랫폼’을 검증하기 위해 선행 버추얼 스크리닝(DMC-PRE), 딥매처 스크리닝(DMC-SRC), 분자 동역학 기반 자체 검증(DMC-MD) 등 딥매처 플랫폼을 구성하는 세 가지 모듈에서 in silico 검증을 진행하였으며, 정답이 알려진 경우에 대해 민감도와 특이도에서 경쟁력 있는 수준인 85%~95%의 정확도를 확인했다.
특히 회사는 딥매처 플랫폼의 최종 단계인 ‘DMC-MD’ 과정을 추가하면서 성능 향상이 이루어졌으며, DMC-MD에서 진행되는 분자동역학적 시뮬레이션(Molecular dynamic simulation) 과정이 신약 후보물질 예측 시 발생하는 위양성(false positive) 결과를 대폭 감소시켰다고 밝혔다.
일반적으로 분자동역학적 시뮬레이션 과정은 컴퓨테이션 리소스의 요구량이 많고, 난도가 높아 스크리닝 과정에서는 사용하기 어려우나, 신테카바이오는 자체적으로 보유한 슈퍼컴퓨팅 인프라를 활용하여 시뮬레이션을 진행할 수 있었다. 향후 이와 같은 스크리닝 과정을 통해 얻어지는 결과물을 토대로 몰레큘러 글루(Molecular glue), PPI(Protein-Protein Interaction, 단백질-단백질 간의 상호작용)를 조절하는 PPI inhibitor 등에 적용이 가능할 것으로 기대하고 있다.
신테카바이오는 지난 2021년 3분기부터 진행해 온 대규모 약물 재창출 프로젝트의 검증 작업도 완료했다. 이 프로젝트는 3천여 개의 약물과 4백여 개의 표적 단백질 간의 결합력을 딥매처를 통해 예측하여 기존에 알려지지 않은 약물-단백질 간의 조합을 도출하고자 진행되었다.
이렇게 예측된 6천여 개의 조합을 in vitro 효능 시험을 통해 검증한 결과 Kinase family, GPRC, Methyltransferase, Deacetylase, Phosphodiesterase 등의 다양한 집단의 단백질 총 120여 종에서 새롭게 효능을 보이는 약물군을 확보함으로써 딥매처의 성능을 검증함과 동시에 다양한 질환군의 파이프라인을 구축할 근거를 마련했다.
